Malta ve takımadaları doğası ile pek çok ziyaretçiyi bünyesine çeker. Toplamda 250 km² lik bir alanı kaplayan Malta, yüzey yapısındaki kireçtaşı yaylalarıyla temsil edilir. Yeşil bitki örtüsünün kapladığı alan oldukça azdır. Doğal bitki örtüsü bakımından zengin olmayan Malta’da adanın büyük bir bölümünü ekili alanlar oluşturur. Diğer bölgelerde ise çoğunlukla kayalık alanlar ve çorak bölgeler bulunur. Geniş olarak tek ormanlık alan, Halep çamlarının hakim olduğu Buskett Bahçeleri’dir. Dağ tepelerinin ve kıyı kayalıklarını oluşturan sert kireçtaşı; kekik, biberiye ve böğürtlen çalılarının yetişmesine imkan tanır. Tipik Akdeniz bitki örtüsü olan zeytin ve ılgın ağaçlarının büyümesine elverişlidir. Deniz rezenesi , deniz karanfili, sütleğen ve dikenli çöven de deniz kenarlarındaki kayalıklarda nadir yetişen çeşitler arasında gösterilir.
Malta’nın ikinci büyük adası Gozo ise 67 km² lik bir alana sahiptir. Sahil üzerinde en ihtişamlı kaya kemerlerinden biri olan ve 2017 yılında sular altında kalan ‘Azure Penceresi’ ne ev sahipliği yapar.
Comino adasında ülke sembollerinden biri olan mavi lagün dikkat çeker. Filfla adası ise 60m yüksekliğinde olan düz tepesiyle ziyaretçileriyle buluşur. Koruma altında olan diğer alan ise Gozo kıyılarında yer alan adacık Mantar Kayası’dır. Adacıkta bulunan uçurumun kıyıları yüzmek için elverişli olduğu gibi yatçılık sevenlerin de uğrak yerlerinden biridir. Malta’nın imza koyduğu yerlerden bir diğeri ülkenin güneyinde yer alan ve mavi kaya mağaralarının bulunduğu Blue Grotto’dur.
Malta'nın seyrek bitki örtüsü toprağa bağlı vahşi hayat için yetersizdir. Fakat, kirpi, gelincik ve kır faresi gibi omurgalılara sıklıkla rastlanır. Soyları tükenene kadar avlanan tavşanlar dışında, geko, kertenkele ve yılanlar da oldukça yaygındır.
Gök Ardıç kuşu, 25 sentlik madeni paranın üzerinde yer alarak Malta’yı temsil eder. Malta’da yerel olarak yaklaşık 12 endemik kuş türüne rastlanır ancak 160’dan fazla kuş türü de kış mevsimlerinde ülkeyi ziyaret eder. Gozo ile Malta’nın berrak denizleri birçok türde deniz canlısına ev sahipliği yapar.